Contrairement à l'aquathermie, l'hydrothermie ne nécessite pas de prélèvement d'eau. L'hydrothermie consiste à descendre dans un forage une ou plusieurs sondes qui vont capter les calories de l'eau dans la nappe phréatique. L'énergie est prélevée directement dans l'eau et c'est au travers d'un générateur que la chaleur est dirigée vers un radiateur ou un plancher chauffant et ainsi diffusée dans toute la maison.